9月10日开始，所有部门必须全部在南京正常办公。广州不再保留中央部门，仅留1个善后办公室处理个别事宜。
政务院是帝国中央政府，为进1步适应经济社会发展，决定对政务院开展1番大刀阔斧的改革。
1、外交部职权进1步膨胀，成为政务院排序第1的部门。根据工作对象的不同，外交部下设了亚洲司、北美司、西欧司、南洋司等部门。
2、6军部与海军部合并，称为国防部，主管军备工作。军备工作是1个比较宽泛的概念，包括装备、后勤、军事教育、军事法律、国防工程等。
在此之前，6军部、海军部分设，彼此争夺预算，暗中较劲，颇受时人诟病。国防部统管军备工作，可以加强统筹，避免资源浪费，统1权衡6军、海军两大军种的建设，是1件大有裨益的事。
至此，军权分立基本完成，帝国军事制度基本完善。
军谘府管军政，掌管人事大权，制定战略计划，隶属于皇室内廷。总司令部管军令，隶属于革命军，负责指挥打仗，根据军谘府的战略制定作战计划。国防部主管军备，隶属于国民政府政务院。
3大机关分工协作，分权制约，防止军人专擅。总体上，军谘府隶属内廷，地位更加超然，权力更大。
3、单设1个警察部，主管全国警察工作。警察部门原本隶属于民政部，称为民政部警察司，负责打击犯罪、维持治安、警备巡视等。
随着各项制度走上正轨，警察部门的职权也越来越膨胀，包括巡视警备、维持交通、侦查犯罪、保护军政要员、看管监狱、守护仓库堤坝、保护税卡等。
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