大致上，一、二、三团由原先的步兵一营、二营、三营扩编而成。二营长陈虹升任陆师参谋长，二团团长改由侦察科长毛人杰担任。四团则为新成立的部队，由石达开担任团长。
水师以罗大纲为司令，陆雨晨为参谋长。
水师下设三个支队：一支队主水战，支队长为张墨；二支队主登陆作战，支队长为陆顺德；三支队主水上运输，支队长为黄涛。
二支队原支队长苏三娘改为负责管理黑旗军家眷，支队长之职由陆顺德继任。陆顺德追随罗大纲多年，是罗大纲的心腹爱将。
二、完善指挥系统。
司令部制度是黑旗军的独创，也是黑旗军战斗力提升的重要保证。
华夏传统，部队通常设置营务处、粮台。黑旗军司令部的参谋处、后勤处便类似于营务处、粮台，相当于参谋机关、后勤机关，一个负责指挥打仗，一个负责后勤补给。
为保证军队领导权的集中统一，杨烜在参谋机关、后勤机关之外，增设一个军政机关，称之为军政处。军政处主要担负宣传、教育、监察、人事、奖惩、防奸、保密等职能。
黑旗军在师、团两级设立司令部，下辖参谋处、军政处、后勤处三大机关。陆师、水师以上，设立总司令部，下设参谋部、军政部、后勤部三大机关。
总司令部是黑旗军的最高领导机关，首长称总司令。毋庸置疑，杨烜为总司令，薛昊仍为副总司令。陆师司令冯可钦兼任参谋部部长，杨烜兼任军政部部长，薛昊兼任后勤部部长。
参谋部堪称是总司令部的核心部门，下设作战处、侦察处、测绘处、火力处、通信处、机要处等下属部门。
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