战争比预想中的顺利。
一方面，广西官军孱弱，又要分兵追击太平军、镇压天地会武装。另一方面，黑旗军政策得力，“米饭主”、土司等地方豪强大多按兵不动，在战争中保持中立。
杨烜留在南宁，除了居中调度各处兵马，也开始着手建立政府组织。
创业阶段，政府应当高效统一。杨烜采取了军政府的组织形式，对外称为“太平天国暨南军政府”。杨烜为军政府首脑，称“大元帅”。
“暨南”二字出自《尚书.禹贡》篇：“东渐于海，西被于流沙，朔南暨，声教讫于四海。”意为面向南洋，把中华文化传至全天下。
元帅则是华夏官职名称。从南北朝起，元帅逐渐成为统军征战的官职名称，按职权轻重、执掌分工，元帅多冠以不同名号，如天下兵马元帅、兵马大元帅、兵马元帅、行军元帅、行营元帅等，又有都元帅、元帅、副元帅之分。
到了近代，元帅逐渐成为各国最高军衔。大元帅则成为最高统帅，譬如清末的皇帝、日本的天皇，都是法定最高统帅，称“大元帅”。
暨南军政府首脑为大元帅，大元帅之下为总参议。
总参议负责贯彻执行大元帅的决策指示，主持军政府日常事务。第一任总参议，由杨烜五叔杨国琛担任。杨国琛四十有余，曾追随杨遇春征战多年，才堪大任。
总参议之下，又设若干名参议，辅助总参议管理政务。参议皆从黑旗军中选拔，譬如步兵四团团长石达开具有相当的民政才能，得以兼任军政府参议。
军政府核心机构为一院、三府、八部。
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