行军以海路为主，共编为4个梯队。
第1梯队由海军南洋舰队组成，担任东征军先锋，负责荡平福建海面，清剿清军福建水师。
第2梯队由海军6战队组成，负责扫清福州外围炮台。
第3梯队由6军步兵第4师组成，负责主攻福州。野战步兵师人数太多，足有两万5千多人，缺少运载船只，只得分出1部分兵马走6路。
步兵第4师3个步兵团1万多人，乘坐战船直趋福州，负责进攻福州。剩下1万5千多人，从广东潮州走6路进入福建，负责进攻福州以南的漳州、泉州、兴化3府。
第4梯队主要由辎重队组成，专门负责运输辎重，保障作战。
正月初十，东征军第1梯队经过两天航行，顺利抵达泉州府厦门岛。
厦门位于泉州府，与金门隔海相望。清军福建水师提督驻地就在厦门，而金门则是福建水师金门镇总兵的驻地。
厦门与金门，1向都是清朝在福建的海防重镇。但福建水师废弛已久，根本就不是革命军的对手。
令革命军海军担心的是，英国人可能会横加干涉。因为厦门是满清对外通商的口岸，英国与满清地方有过协议，由英国缉私船代为打击中国沿海海盗、走私商。
福建地处上海、广州两处贸易中心的结合部，对外贸易十分活跃。加之广东严禁鸦片，不少鸦片商人北上福建，带来大量的鸦片走私活动。
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