雍正时期，编青海蒙古为2十7旗，后增至2十9旗，由西宁办事大臣主持会盟。黄河以南主要为藏人，设有4十个土司，其中以玉树土司最大，故称玉树等4十族土司。
青海地处回、藏之间，地理位置绝佳，足以钳制回、藏。正因为如此，青海设省理所应当。特设巡抚1名，由西宁办事大臣改任，同样推行郡县制。
西藏在清代分为卫、喀木（康）、藏、阿里4部，以及霍尔3十9族地区。地方最高行政长官为驻藏大臣，驻拉萨，会同**喇嘛、班禅额尔德尼办理藏内政务，其政令由噶厦（西藏官府）执行。
那曲、昌都地区北部的各部落统称霍尔3十9族，简称3十9族，为蒙古人后裔，由驻藏大臣的属员夷情章京管辖。
西藏地位特殊，暂不设置行省，仍由驻藏大臣办理政务。其中，涉外、边防事务，权力仍归清廷。
有清1代，蒙古是满人的重要盟友，在明清战争中发挥了重要作用。蒙古各部参照满洲8旗，划分为蒙古8旗，受到清廷的优待，对清朝颇为忠心。
蒙古分为内属蒙古与外藩蒙古。
内属蒙古包括察哈尔、归化城土默特、唐努乌梁海、阿尔泰乌梁海等部，各旗由朝廷派遣官员（1般为总管）治理，与内地的州、县无异。
外藩蒙古各旗则由当地的世袭扎萨克管理，处於半自治状态。在外藩蒙古，以若干旗合为1盟，设正、副盟长，掌管会盟事宜，对各旗札萨克进行监管。
清朝历来都很重视蒙古，长期与蒙古联姻，得到蒙古的效忠。在平定准噶尔部落的反叛后，蒙古各部已经绝意反叛。乾隆时期，土尔扈特部落跋涉万里，从沙俄东归中国，受到清朝的礼遇。
鉴于这种紧密的联盟关系，咸丰决定继续保持蒙古的特殊地位，不在蒙古设置行省。
东北是清朝龙兴之地，清廷实行封禁政策，禁止汉人出关移民垦殖。关外为皇家禁地，自成体系。
1方面是8旗驻防系统，以盛京为陪都，设盛京将军为最高军政长官，置户、礼、兵、刑、工5部，各设侍郎主持，并在吉林、黑龙江设驻防将军。将军之下，设专城副都统分驻各城，并管理各城的临近地区。
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