另1方面是州县民政系统，设奉天府尹，管辖8旗驻防以外的州县民官。在东北原有汉民聚居之处，置府、州、县、厅，如同内地。
这种管理体制相当粗放。清朝失去南方各省后，亟须开发东北。
因此，肃顺建议，在东北设置奉天、吉林、黑龙江3个行省，设东3省总督1员、吉林巡抚1员、黑龙江巡抚1员。
肃顺特别提到：“东北官制混乱，却也有意想不到的收获。盛京官制特殊，既有6部，又有将军，彼此不相统属。官库分散，度支出纳并无专官。因此，东北究竟有多少公款，谁也不知道，谁也不清楚。
“奴才认为，东北地大物博，物产丰富，与朝鲜、俄国商贸常有往来，1定蓄积丰富。为此，奴才派人秘密访查东北各官库，此事皇上应该记得。
“如今，1年下来，访查已有结果。东北官库蓄积丰富，出乎想象，总数不下1千万之多。仅奉天1地，银钱货殖就有5百万之多。
“有这么多钱，足以办成许多大事。北洋衙门的经费、湘军的军饷，暂时也都有了着落。”
咸丰大为兴奋，说道：“肃6，你这个户部尚书真行，既能清查户部弊案，又能筹集钱粮。朕没有看错你，明日朕就下旨，升你做协办大学士。”
肃顺也不谦让，说道：“谢皇上恩典。奴才为皇上办差，并不图升官发财。但做了大学士，奴才可以更好的为皇上办差。”
这话说得十分诚恳，丝毫不显做作，令咸丰深感满意。
肃顺再接再厉，建议废止满汉、蒙汉不得通婚的禁令，鼓励内地汉人到边疆地区开荒。咸丰均11采纳。
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